Το Ρέθυμνο, στο πλαίσιο προώθησης της αειφόρου ανάπτυξης και του εναλλακτικού τουρισμού, είναι πλέον μία από τις πόλεις που φέρουν το σήμα "BikeFriendly", είναι δηλαδή μια πόλη φιλική προς τους ποδηλάτες. Το σήμα αυτό απονέμεται σε δήμους-τουριστικούς προορισμούς που πληρούν μια σειρά διεθνώς αναγνωρισμένων κριτηρίων. Η πόλη του Ρεθύμνου έχει ένα δίκτυο ποδηλατοδρόμων μήκους 20 χλμ., ενώ στην ευρύτερη περιοχή γύρω και έξω από την πόλη, υπάρχουν 22 ποδηλατικές διαδρομές. Για τον λόγο αυτό, το Ρέθυμνο φιλοξένησε το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Ποδηλασίας Δημοσιογράφων το 2012, ενώ έχει βραβευθεί ως μία από τις ασφαλέστερες και πιο προσβάσιμες ευρωπαϊκές πόλεις για ποδηλάτες και πεζούς.